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Alexandra Calteau, Rohitkumar Datchanamourty, Nahil Jacquemier and others are enlisted in the challenge
D4Gen Hacking Days
D4Gen Hacking Days
Constituez votre équipe, positionnez vous sur un projet et participez à nos Hacking Days
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Venez vivre une expérience enrichissante et une formidable opportunité de networking !
Le GIP GENOPOLE lance son premier hackathon afin de structurer des communautés interdisciplinaires autour de la « Génomique Numérique », et principalement des enjeux de partage, préservation et (ré)utilisation des données massives issues du génome.
... Inscrivez-vous, choisissez le projet que vous voulez hacker !
en cliquant sur le bouton Participer en haut à droite.
Le Hackathon D4GEN en quelques mots
Les Hacking DaysDu 19 au 21 Mai 2022
Vous aurez eu 3 semaines pour proposer votre candidature et rejoindre une équipe sur l'un des projets que vous aurez sélectionnés.
Ces 3 jours sont dédiés au travail en équipes, encadré par des experts.
Pendant ces 3 jours, il est prévu pour chaque candidat le package suivant : une machine virtuelle (4 vCPU, 16 Go) incluant :- Ubuntu or Debian Desktop
- Docker and Docker-compose
- Python3 and pip3
- Jupyter notebook/lab
Grâce au soutien d'EGI-ACE, des accès à des ressources (CPU et GPU) supplémentaires seront disponibles sur demande.
Les attendus au bout des 3 jours :
- Un prototype (démo) ou un scénario d’usage (maquette) que vous souhaiteriez continuer à développer en équipe
- Un pitch de 5 min
Le dernier jour : présentations des projets devant un jury, suivies de délibérations et de la remise des prix!
L'agenda des 3 jours
Jeudi 19 mai 2022
17h00 Accueil sur site
Conférence de lancement
Début du travail en équipes
Diner sur place
Diner sur place
Vendredi 20 mai 2022
Petit-déjeuner sur place
Journée de travail en équipes
Déjeuner sur place
Déjeuner sur place
Support des Experts
Diner sur place
Diner sur place
Samedi 21 mai 2022
Matinée de Clôture des projets
Déjeuner sur place
Démos Finales face au jury
Délibérations
17h15 Annonce des vainqueurs!
Démos Finales face au jury
Délibérations
17h15 Annonce des vainqueurs!
Les livrables et les critères d'évaluation
Thématique : Développement des outils informatiques pour l'analyse de données
PanGAnnot
Projet porté par Jérôme Arnoux - Genoscope
L'objectif est de développer des méthodes pour la caractérisation de clusters fonctionnels de gènes dans un graphe de pangénome.
Particulièrement l'identification des ilots de défenses.
Particulièrement l'identification des ilots de défenses.
RNANetDB
Projet porté par Guillaume POSTIC - IBISC
Le projet consiste à développer une interface web dynamique pour RNANet, un jeu de données dédié aux ARN, pour une utilisation pour la prédiction de structure 3D d’ARN par des méthodes d’IA.
I-E Pan
Projet porté par Guillame GAUTREAU - INRAE
L'objectif est de proposer une nouvelle structure de données importable et exportable pour stocker un graphe de pangénome à la fois optimisée, simple d’utilisation, utilisable sur des environnements tiers.
3D-MULTILAYER
Projet porté par Marco MENDOZA - Sysfate / LiSSB / Genoscope
Develop an analytical strategy for integrating spatial transcriptome maps within a 3-dimensional view allowing to reveal functionally relevant tissue sub-structures.
PanGBanK web
Projet porté par Jérôme Arnoux - Genoscope
L'objectif est de rendre disponible une base de données de pangénomes par la conception d’une application web pour l’exploration de données pangénomiques et le développement d'une API RESTful.
MAC
Projet porté par Lucie FRIEDLANDER - Eagle Genomics
We propose to build and compare methods that can perform functional annotations of metagenomic data and attempt to correlate these results to patient or consumer metadata, such as disease state.
Thématique : AI technologies
ChrominPainting
Projet porté par Axel COURNAC - Institut Pasteur
Our project aims at observing the far side of chromosomes i.e the one composed of repeated (or very similar) sequences that are not directly accessible with the current NGS pipelines.
DL CancerLncRNA
Projet porté par Constance CREUX - IBISC
Ce projet concerne le développement d’une méthode d’IA basée sur du deep learning pour associer les ARN longs non-codants à un type de cancer et une fonction biologique.
FG
Projet porté par Gabriel LEREBOURS - Floating Genes
L'objectif est de développer des outils de data mining de biomarqueurs génétiques (mutations, méthylation) de cancers grâce au machine learning et les bases de données publiques (TCGA, COSMIC).
DystroMuscle
Projet porté par Jérémie Cosette - Généthon
Les dystrophies musculaires peuvent être caractérisées caractériser par observation de coupes musculaires marquées. Le projet consistera à caractériser et classer les cellules musculaires par IA.
Thématiques : Méthodologie pour la FAIRification & Technologies BlockChain
ImaBIOmics
Projet porté par Marion CRESPO - Adlin Science
A travers ce projet, Adlin souhaite metre en place des méthodes de FAIRification afin de faciliter l'intégration des données multi-omiques et des données d'imagerie biomédicale en offrant un cadre de structuration et de standardisation des métadonnées cliniques.
MMG
Projet porté par Stefania DUMBRAVA - TSP / ENSIIE
The idea of the project is to curate a novel graph dataset (MMG) for representing the microbian metabolism, by integrating information from various public datasets.
GARDS-CHSF
Projet porté par Mohanad MAHFOUD - CHSF
L'objectif est de mettre en place des méthodes de fairification pour développer une base de données des mutations génétiques associées aux maladies rares arythmogéniques cardiaques avec les données cliniques y correspondants infra-structurée sécurisée partageable via Beacon network
BC-TA
Projet porté par Maryline LAURENT - TSP
L’objectif est d’automatiser le processus d’accès à ces jeux de données, et ce sous la condition que les chercheurs signent un engagement du bon usage de ces données, et ce en employant la blockchain.